Δεδομένου ότι ο αριθμός των παρεχόμενων θέσεων για φοιτητές είναι συνήθως μικρότερος από τον αριθμό των ενδιαφερομένων να σπουδάσουν, γίνεται, εάν χρειάζεται, ηλεκτρονική κλήρωση των υποψήφιων φοιτητών, με την παρουσία εισαγγελικής αρχής για την εξασφάλιση του αδιάβλητου. Η πρόσκληση για την εκδήλωση ενδιαφέροντος υποψηφίων φοιτητών στα προγράμματα σπουδών δημοσιεύεται τουλάχιστον σε δύο ημερήσιες εφημερίδες των Αθηνών, σε μία της Θεσσαλονίκης και σε μία της έδρας του ΕΑΠ



Στα προπτυχιακά προγράμματα σπουδών, εάν ο αριθμός των υποψηφίων ανά Πρόγραμμα Σπουδών είναι μεγαλύτερος από τον αριθμό των παρεχομένων θέσεων, προηγούνται όσοι έχουν συμπληρώσει το 23^ο έτος της ηλικίας τους. Αν ο αριθμός τους είναι μεγαλύτερος από τον αριθμό των προσφερομένων θέσεων, διεξάγεται μεταξύ τους κλήρωση Αν απομένουν θέσεις μετά την τήρηση της προηγούμενης σειράς προτίμησης, οι υπόλοιποι υποψήφιοι επιλέγονται με νέα διαδικασία κλήρωσης.



Εισάγονται επίσης στο ΕΑΠ φοιτητές - Άτομα με Ειδικές Ανάγκες - σε ποσοστό 3% επιπλέον των καθορισμένων θέσεων για τα προπτυχιακά προγράμματα σπουδών. Σε περίπτωση που σε ένα πρόγραμμα σπουδών οι υποψήφιοι είναι περισσότεροι από το ποσοστό 3% των καθορισμένων θέσεων θα διεξάγεται κλήρωση.



Στα μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών που οδηγούν σε Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης (Masters) εάν ο αριθμός των υποψηφίων ανά Πρόγραμμα Σπουδών είναι μεγαλύτερος από τον αριθμό των παρεχομένων θέσεων, προηγούνται όσοι έχουν συμπληρώσει το 23^ο έτος της ηλικίας τους. Αν ο αριθμός τους είναι μεγαλύτερος από τον αριθμό των προσφερομένων θέσεων, διεξάγεται μεταξύ τους κλήρωση Αν απομένουν θέσεις μετά την τήρηση της προηγούμενης σειράς προτίμησης, οι υπόλοιποι υποψήφιοι επιλέγονται με νέα διαδικασία κλήρωσης.



Επιπλέον, μπορεί να καθορίζεται κάθε χρόνο πρόσθετος αριθμός παρεχόμενων θέσεων για φοιτητές μεταπτυχιακού επιπέδου, οι οποίες προορίζονται αποκλειστικά για μέλη Εκπαιδευτικού Προσωπικού των Τ.Ε.Ι. με προσωποπαγή θέση, τα οποία δεν κατέχουν μεταπτυχιακό τίτλο σπουδών. Ο αριθμός των θέσεων αυτών δεν μπορεί να υπερβεί το 10% του ετήσιου αριθμού των παρεχόμενων θέσεων μεταπτυχιακών φοιτητών. Για την επιλογή και την εγγραφή των ενδιαφερομένων στις εν λόγω θέσεις ισχύουν οι ίδιες διαδικασίες και προϋποθέσεις, οι οποίες ισχύουν και για τους υπόλοιπους υποψηφίους που εγγράφονται στα αντίστοιχα μεταπτυχιακά προγράμματα του ΕΑΠ. Το παραπάνω ποσοστό είναι συνολικό και κατανέμεται ανάλογα στα προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών που υπάρχουν. Αν δεν υπάρχουν υποψήφιοι σε ένα πρόγραμμα, ο αριθμός των θέσεων που αναλογεί στο πρόγραμμα αυτό κατανέμεται ανάλογα σε άλλα προγράμματα με απόφαση της Διοικούσας Επιτροπής, η οποία λαμβάνει υπόψη, κατά το δυνατόν, τις αιτήσεις των ενδιαφερομένων.

Οι φοιτητές, έχουν το δικαίωμα να εγγραφούν κατ' ανώτατο όριο, είτε πρόκειται για πλήρη φοίτηση είτε για εγγραφή μόνο για εξετάσεις, σε τρεις (3) Θ.Ε. στα προπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών (Π.Σ.) και σε δύο (2) Θ.Ε. στα μεταπτυχιακά Π.Σ. Εξαίρεση αποτελούν μόνο οι φοιτητές που έχουν εισαχθεί μέχρι και την ακαδημαϊκή χρονιά 2003-2004, στο μεταπτυχιακό Π.Σ. «Μεταπτυχιακή Ειδίκευση Καθηγητών Αγγλικής Γλώσσας», οι οποίοι έχουν το δικαίωμα να εγγραφούν κατ? ανώτατο όριο σε τρεις Θ.Ε.

Για τα Π.Σ. που οι Θ.Ε. είναι δομημένες με τέτοιο τρόπο, ώστε να διατηρείται η λογική του έτους σπουδών, πρέπει (κατά τη διαδικασία εγγραφής σε Θ.Ε.) να εξαντλούνται πρώτα οι Θ.Ε. του προηγούμενου έτους και κατόπιν να αρχίζει η εγγραφή σε Θ.Ε. του επόμενου έτους. Για παράδειγμα, αν κάποιος μεταπτυχιακός φοιτητής έχει ολοκληρώσει επιτυχώς μία Θ.Ε. από το πρώτο έτος και θέλει να επιλέξει για το επόμενο έτος δύο Θ.Ε., πρέπει απαραιτήτως να δηλώσει την εναπομένουσα Θ.Ε. του πρώτου έτους και μία ακόμη Θ.Ε. από το επόμενο έτος. Ανάλογα ισχύει και για τους προπτυχιακούς φοιτητές: αν κάποιος έχει ολοκληρώσει επιτυχώς μία Θ.Ε. από το πρώτο έτος και θέλει να επιλέξει για το επόμενο έτος τρεις Θ.Ε., πρέπει απαραιτήτως να δηλώσει τις δύο εναπομένουσες του πρώτου έτους και τη μία Θ.Ε. από το επόμενο έτος.